抗甲状腺药物的作用是抑制甲状腺合成甲状腺激素，在甲亢药物治疗中应用非常广泛，但是这类药物应用后可能会对身体产生一些副作用，如药疹、白细胞减少、转氨酶增高等，治疗过程中应严密观察。
药疹：应用抗甲状腺药物时刻出现轻型药疹，一般可给予抗组织胺药物，或改用其它抗甲状腺药物，如出现严重的剥脱性皮炎趋势时，应立即停药并应用肾上腺皮质激素。
白细胞减少：白细胞减少多在抗甲状腺药物治疗1-3个月内发生，严重时可发生粒细胞缺乏症，会对生命造成威胁，因此在抗甲状腺药物治疗初期应每周检查一次白细胞数，如低于正常，应严密观察，如发生粒细胞缺乏症，应立即停用抗甲状腺药物，积极给予有效抢救措施。
转氨酶增高：部分患者于服用抗甲状腺药物后，可出现血清转氨酶增高，一般可减少剂量并加用保肝药物，严重者可考虑换用其它抗甲状腺药物或停用。
其它：应用抗甲状腺药物治疗还可能发生其它少见副作用，如抗中性粒细胞胞浆抗体阳性的血管炎，肝坏死等。