乙肝表面抗原能自然转阴，是指慢性乙肝病毒感染者在没有治疗的情况下发生的乙肝病毒自发性清除。这种情况确实是有可能发生的，但发生率较低。我国的《慢性乙型肝炎防治指南》中指出：“HBeAg血清学转换后每年大约有0.5%～1.0%发生HBsAg清除。”
在没有完全治疗的情况下，经过20～50年，体内免疫系统自发地将乙肝病毒清除，HBsAg自然阴转，抗HBs出现，达到自愈，被称为表面抗原血清学转换或乙肝表面抗原“自然转阴”。这种自然转阴率每年大约为0.5%～1.0%。
乙肝表面抗原自然转阴与以下几种因素有关：
①e抗原阴性，即：乙肝“小三阳”;
②表面抗原的数值较低，一般<200 IU/ml;
③病毒复制水平低，一般HBV DNA<2000 IU/ml;
④年龄：一般来说，在慢性乙肝病毒感染者的一生中，HBsAg自然阴转有两个高峰：第一个高峰发生在10～20岁，每年的自然转阴率约为2.7%;第二个高峰发生在50岁以后，每年的自然转阴率可以高达6.6%。