服用藿香正气丸的副作用目前并不能明确，但过量或者长期用药可能会刺激肠胃，引起肠胃不适反应，也可能会出现过敏症状。
藿香正气丸是由多种中药材所组成的中成药物，患者在医生的指导下适量服用通常不会造成不良影响，而且在临床上藿香正气丸的副作用目前尚不明确，但是如果患者过量或者长期服用药物，可能会造成肠胃刺激，而使患者出现恶心、呕吐、腹痛、腹胀、腹泻等肠胃不适症状，而且藿香正气丸所含有的中药材，可能会在服用期间分泌某些成分，而导致患者出现过敏症状，比如皮肤红肿瘙痒、皮疹、头晕、胸闷等。
藿香正气丸是由广藿香、陈皮、茯苓、大腹皮、半夏、甘草等成分组成的，具有解表退热、和中理气的功效，临床常用于治疗暑湿感冒、恶寒发热、头痛、胸闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状。
患者在服用药物时要严格按照医嘱用药，不可私自加大药量，以免对身体造成伤害。